Constituée de dons de collectionneurs ou émanant de cabinet de curiosités, la collection du musée des Beaux-Arts est riche et variée.
Elle compte des pièces remarquables dans différents domaines : émaux limousins, argenterie d’orfèvres troyens, verrerie de Daum ou Gallé, céramiques françaises et étrangères, miniatures, vitrail, mobilier, éléments d’architecture et de décor…
Dans l’attente de l’aménagement d’un espace dédié aux collections du 19e siècle, celles-ci ne sont exposées qu’en partie au sein du musée. Elles sont également présentées au public lors d’expositions temporaires, y compris au sein d’autres établissements, et peuvent être visibles sur rendez-vous dans le cadre d’une recherche scientifique.